Dobrý den,
při aktualizaci zůstanou původní data (tzn. zákazníci, objednávky, produkty, obrázky apod.) bez změny. Ale pokud jste prováděli nějaké úpravy přímo ve zdrojovém kódu (defaultní šabloně, modulech apod.), tak o ně aktualizací přijdete, a musíte je znovu aplikovat. Při aktualizaci se totiž stahuje kompletní originální balíček aplikace a dojde k nahrazení původních souborů. Samozřejmě pokud používáte nějakou jinou šablonu než defaultní, tak změny v této šabloně zůstanou, protože při aktualizaci dochází k aktualizaci pouze standardní šablony ve složce
/themes/default-bootstrap. Také některé moduly je nutné po aktualizaci znovu nastavit.
Takže pokud jste aktualizaci nikdy neprováděli, tak je ideální si celý proces nejdříve vyzkoušet na testovacím obchodě (kopii stávající instalace), který si vytvoříte např. na subdoméně. Návod na vytvoření takové instalace naleznete v tématu
PrestaShop - Přesun eshopu na jiný název domény.