Dobrý den,
ano, při aktualizaci dojde k přepsání základní šablony její novou verzí. Takže ideální je znovu aplikovat vlastní úpravy do nové šablony, protože ta je přizpůsobena nové verzi aplikace (příp. modulů) a obsahuje i opravy chyb. Samozřejmě by bylo možné vytvořit si kopii Vaší stávající šablony s úpravami a vyzkoušet ji rozchodit na nové verzi aplikace, ale z výše uvedených důvodů to nedoporučuji.
A nebo jak jste uvedl, pokud Vám obchod funguje, tak můžete zůstat na starší verzi aplikace. Ale doporučuji instalaci zabezpečit pomocí zdarma dostupného modulu
Security Patch, který automaticky aplikuje bezpečností patch. Pokud Vám patch nepůjde aplikovat přímo pomocí modulu, lze ho provést manuálně. Na stránce
Password security fix naleznete postup pro danou verzi aplikace.