Dobrý den,
když na FTP serveru nastavíte souboru (příp. složce) pouze práva vlastníka (např. 700), tak to neznamená, že při zobrazení v internetovém prohlížeči k nim budete mít přístup pouze Vy. Z Vašeho popisu to vypadá, že jste takové chování očekával. Takže pokud chcete s nějakými soubory pracovat přes internetový prohlížeč pouze Vy, tak si např. do celé složky povolte přístup pomocí
serverové autentifikace (resp. pomocí jména a hesla). Případně můžete přístup do složky omezit jen z Vaší IP adresy (postup naleznete např. v návodu
Joomla - Zabezpečení administrace v odstavci
"Přístup pouze z Vaší IP adresy").