Dobrý den,
při aktualizaci nejdříve musíte ve staré instalaci smazat složky
core a
vendor a také všechny soubory z kořenové složky (viz
Update core manually). Takže ve staré instalaci Vám zůstanou pouze složky
modules,
profiles,
sites a
themes. Pak do staré instalace zkopírujte z balíčku nové verze obě složky
core a
vendor a všechny soubory z kořenové složky. Takže smažte a nakopírujte vše potřebné a znovu spusťte proces aktualizace na adrese
http://www.nazev-vasi-domeny.cz/update.php. Pro jistotu jsem otestoval aktualizaci ze stejné verze
8.6.5 na poslední verzi
8.6.7 a žádný problém nenastal.