Dobrý den.
Vím, že jste se už rozhodla, ale odpovím případně pro ostatní s podobným dotazem.
Osobní zkušenosti s žádným z nich nemám, ale zdá se, že PrestaShop je poročilejší a z OpenSource aplikací bude asi nejoblíbenější. Navíc VirtueMart je rozšíření redakčního systému Joomla, což už samo o sobě může zmenat sice určité výhody (např. snazší zahájení práce s obchodem, pokud znáte Joomlu), ale i nevýhody a ty jsou většinou závažnějšího ražení a nesnadno se obchází (např. že joomla je primárně navržena jako redakční systém a VirtuMart - jakkoli zdařilý - bude téměř jistě mít určitá omezení, daná jiným primárním zaměřením Joomly).
Další vysvětlení už podal pan Plašil
zde.
Konkrétní uživatelské srovnání uvedených dvou systémů je například
zde, další zdroje lze snadno vygooglit.
Na druhou stranu ani PrestaShop, ani žádný jiný otevřený systém zadarmo není všemocný a některé funkce se musí řešit rozšiřujícími moduly, které už zadarmo být nemusí. Pro optimální funci mohou být nutné některé úpravy přímo v kódu a v některých velmi specifických případech může být jediným optimálním řešením systém na míru.